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更新: 2012-09-24 21:50:27

生態学のデータ解析 - 数学セミナー2007

ここでは 数学セミナー 2007 年 11 月号 特集「統計科学のすすめ(その2)」

susemi07-11 特集――統計科学のすすめ[その2]
平均値から個性へ/統計的モデリングのひらく世界像
伊庭幸人 8
階層モデルで「個性」をとらえる
久保拓弥 16
個人差・地域差をとりこむ統計科学/医学分野の事例
丹後俊郎 23
全体モデルから局所モデルへ/状態空間モデルとシミュレーション
樋口知之 30
生きた言葉をモデル化する/自然言語処理と数学の接点
持橋大地 37
ポスト近代科学としての統計科学
田邉國士 44
ブックレビュー/情報量規準・ベイズ統計・MCMC
伊庭幸人 50

このペイジでは, この特集で私が書いた解説記事 「階層モデルで個性をとらえる」 (久保) で とりあつかった例題データとその解析プログラム (R 用) を公開しています.

関連リンク

例題のデータとプログラム

  • 架空植物の種子結実データ (RData 版): d.RData
    • Rload("d.RData") で読みこむ
  • 架空植物の種子結実データ (CSV 版): d.csv
    • Rread.csv("d.csv") で読みこむ
  • 経験ベイズ法 (GLMM) でパラメータを最尤推定する R コード
    • データは上の d.RData を使う
    • glmmML package のインストールが必要
    load("d.RData") # データよみこみ
    library(glmmML)
    glmmML(y ~ 1, data = d, family = binomial, cluster = d$plant.ID)
  • Markov Chain Monte Carlo (MCMC) 法でパラメータの事後分布を推定する R コード
    • データは上の d.RData を使う
    • R2WinBUGS package と coda package が必要
      • WinBUGS をインストールしておく必要もある
    • R コード: runbugs.R (テキストファイル)
    • BUGS コード: model.bug.txt (テキストファイル)
    • R 内で runbugs.R を実行すると推定計算結果が得られる