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更新: 2012-09-24 21:50:27

生態学のデータ解析 - 本/環境科学の階層モデル

  • Clark & Gelfand (2006) 「環境科学のための階層モデリング」の紹介です

    Clark JS and Gelfand A (eds). 2006. Hierarchical Modelling for the Environmental Sciences. Oxford University Press.


    • 出版社のペイジ: http://www.oup.co.uk/isbn/0-19-856967-X
    • とにかく最初から最後までひたすら Bayesian 推定 & MCMC 計算 な生態学データ解析. 最初のほうに入門的な内容. Gibbs sampler の導出例.そして 30 人以上の contributors たちによる Bayesian データ解析の研究紹介.
    • 使われている計算ソフトウェアについて:
      • WinBUGS -- コード例多数 (ベイズ統計 & MCMC)
      • R -- R で実装された Gibbs sampler の例が p.165-169 に
      • MCMC++ -- C++ クラスライブラリ,Kent Holsinger 作.


  • Preface
  • Part I. Introduction to hierarchical modeling (階層モデリング入門)
    • ベイズ推定,グラフィカルモデリング, Gibbs sampler,計算ソフトウェアに関する入門的な内容
    • 1. Bradley P. Carlin, James S. Clark and Alan E. Gelfand: Elements of hierarchical Bayesian influence
    • 2. Kent Holsinger: Bayesian hierarchical models in geographical genetics
  • Part II. Hierarchical models in experimental settings (実験状況下での階層モデルたち)
    • FACE (Free-Air CO2 Enrichment -- 野外二酸化炭素高濃度化) 実験状況下での植物の成長データ解析など
    • 3. James S. Clark and Shannon LaDeau: Synthesizing ecological experiments and observational data with hierarchical Bayes
    • 4. Janneke Hille Ris Lambers, Brian Aukean, Jeff Diez, Margaret Evans and Andrew Latimer: Effects of global change on inflorescence production: a Bayesian hierarchical analysis
  • Part III. Spatial modeling (空間モデリング)
    • 空間相関を考慮した生物の「いる・いない」問題 (生物分布推定の問題)
    • 5. Alan E. Gelfand, Andrew Latimer, Shanshan Wu and John A. Silander, Jr.: Building statistical models to analyse species distributions
    • 6. Kiona Ogle, Maria Uriarte, Jill Thompson, Jill Johnstone, Andy Jones, Yiching Lin, Eliot J. B. McIntire and Jess K. Zimmmerman: Implications of vulnerability to hurricane damage for long-term survival of tropical tree species: a Bayesian hierarchical analysis
  • Part IV. Spatio-temporal modeling (時空間モデリング)
    • 前の部に続いて,今度は生物分布の時間変動の問題を「隠れた状態」つかった階層ベイズモデルであつかう
    • 7. Li Chen, Montserrat Fuentes and Jerry M. Davis: Spatial temporal statistical modeling and prediction of environmental processes
    • 8. Christopher K. Wikle and Melvin B. Hooten: Hierarchical Bayesian spatio-temporal models for population spread
    • 9. Eric Gilleland, Douglas Nychka and Uli Schneider: Spatial models for the distribution of extremes
  • References
  • Index