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更新: 2017-02-08 16:42:14

生態学のデータ解析 - JAGS 雑


[もくじ]


JAGS とは 

  • JAGS - Martyn Plummer さん (R コアメンバーの一人でもある) が作った Just Another Gibbs Sampler,簡単にベイズモデルを記述でき,MCMC (Markov Chain Monte Carlo) 計算によってベイズ推定ができます
  • JAGS のインストール: R で install.packages("rjags")

R から JAGS を使う 

WinBUGS との比較,みたいなもの 

  • JAGS が良い点
    • library(rjags)library(R2WinBUGS) より格段にわかりやすいすぐれた設計になっている
    • JAGS 自体の設計がよいのでいろいろ将来性があるように思える
    • JAGS は完全な free software (GPL) であり,内部が完全に公開されている (改造も許されている)
    • JAGS は Linux, MacOS X, Windows 上のどこでも比較的無難に動かせる
  • JAGS が負けてる点
    • MCMC 計算が遅いような気がする
    • MCMC 計算の収束が遅いような気がする
    • 空間統計学への応用 (ただしこれは自力で拡張可能)

JAGS でできないこと 

  • directed cycle (有向巡回閉路) を含むモデル (ver 0.90-0.97 時点)
    • cycle を含む model の例:
           model {
               x ~ dnorm(y, tau)
               y ~ dnorm(x, tau)
           }
    

JAGS インストールの注意 (Windows7) --- 古い情報? 

飯島勇人さんから以下のような情報を教えていただきました (2012-04-02; ありがとうございます)

  • JAGSの3.2.0(古いバージョンでも同じ)をWindows7にインストールしようとすると、インストールの終了直前(インストールの進行の棒が最後のほうまで行ったところ)で、「JAGS-3.2.0は動作を終了しました」とエラーが出てインストールを完了できません。
    • ただ、問題なくインストールできた事例もあるので、必ずWindows7で起こるとは限らないようです。
  • この解決策は東大の長田君に教えていただいて、それは以下のようです(飯島の環境で確認済み)。
    • このような警告が出ても,インストール自体はできているので、環境変数で「ユーザー側」に「JAGS_home」という変数を作り、プログラムがインストールされているフォルダまでのパスを通してください。私の場合はC:\の直下にjagsというフォルダを作ってそこにインストールしたので、「c:/jags」というパスになります。
    • ちゃんとパスが通っていれば、Rでパッケージrjagsをインストールし、library(rjags)が問題なく実行されます。パスがうまく通っていないと、指定したモジュールが見つからない、といったエラーが出てきます。
  • さらに和田計也さんから補足情報もいただきました (2012-04-05; ありがとうございます):
    • これはJAGS-3.2.0.exeをダブルクリックして起動するウィザードで「Setup Wizard」→「License Agreement」→「Choose Install Location」→「Choose Start Menu Folder」→「Choose Components」 とOKOK連打していくのですが最後のコンポーネント選択画面で 64bit OSであるにも関わらず32-bit installationを選択済みにしてあると上記のエラーが出現しました。
    • ですので、64bit Win7の場合は「64-bit installation」と「Header files」の二つのみにチェックして「Install」ボタンを押せば無事インストールが終了します。