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更新: 2018-01-16 12:26:08

生態学のデータ解析 - 空間統計学


[もくじ]


空間相関を考慮した解析をしたい 

  • その「とりあえず」のとりかかりかたについて考えてみます (2009-03-24 版)
  • 基本方針: RWinBUGS で何とかする
  • このペイジ全体もよく見てください

R でなんとかしてみる 

  • geoR, geoRglm package を使うことになりそうです
    • このペイジの下の記述を参照
  • R で空間統計解析をする場合,The R Book (日本で編集されたほう) の空間統計関連は見ておいたほうがよいでしょう
    • 岡田昌史 (編). 2004. The R Book. 九天社. ISBN: 4901676970.
  • つぎに geoR, geoRglm の文献をみるのがよいでしょう
    • このペイジの下の記述を参照
    • とくに R News の Christensen の解説はお手軽です
      • Christensen, O. F. and Ribeiro Jr, P. J. (2002). geoRglm - a package for generalised linear spatial models. R News, 2(2), 26-28. ISSN 1609-3631.
    • これらの package では variogram を念頭においた統計モデリングがなされています.variogram 的な考えかたのほうがより一般性がありますが,推定すべきパラメーターの数も増えます.

WinBUGS で何とかしてみる 

  • 2009 年の ? 月発行の日本生態学会誌の空間統計ベイズモデリング特集をよくよむ

R で空間統計学 

Rlogo

geoR 系 

  • Gaussian Random Field (GRF) 使ったモデル
    • 「なぜ GRF が必要か?」に関する久保の ひとことPDF ファイル
      • 2006-03-24 JES53 新潟大会「動物の分布拡大」自由集会のコメントらしきもの
      • これだけでは何なのかよくわからないかも……
  • geoR package: GRF つかった推定・シミュレイションなど
  • geoRglm package: GRF と連動する GLM である generalized linear spatial model (GLSM) の推定・シミュレイションなど
    • geoRglm -- 作者 Ole F. Christensen によるサイト
    • library(help = geoRglm)
    • R News にも Christensen によるよい解説あります
      • Christensen, O. F. and Ribeiro Jr, P. J. (2002). geoRglm - a package for generalised linear spatial models. R News, 2(2), 26-28. ISSN 1609-3631.

spBayes 

WinBUGS (GeoBUGS) 

書籍・論文 

  • Banerjee S, Carlin BP and Gelfand AE. 2004. Hierarchical modeling and analysis for spatial data. CRC

    hmasd

  • Clark JS and Gelfand AE. 2006. Hierarchical modellin for the environmental sciences. Oxford. → 本/環境科学の階層モデル
  • 長谷川政美, 種村正美. 1986. なわばりの生態学 - 生態のモデルと空間パターンの統計. 東海大学出版会. ISBN: 4486009088.
    • 先駆的な内容, 現在入手困難
  • 間瀬茂, 武田純. 2001. 空間データモデリング -- 空間統計学の応用. 共立出版. ISBN: 432012006X.

    sdm

  • 岡田昌史 (編). 2004. The R Book. 九天社. ISBN: 4901676970.
    • 空間統計学に関するさまざまな記述あり,特に「第 10 章. R で空間統計学」には確率場,クリギング,geoR に関する解説がある

空間統計学な生態学研究者 

John Silander 

  • 外来侵入植物の拡散過程のベイズモデル化など
  • http://hydrodictyon.eeb.uconn.edu/people/silander/ に論文 PDF ファイル集がある
    • (Bayesian 初心者むけ?) Latimer, A. M., S. Wu, A. E. Gelfand and J. A. Silander, Jr. 2006. Building statistical models to analyze species distributions. Ecological Applications 16: 33-50

Christopher K. Wikle