2012 年 05 月 16 日 (水)

• 0620 起床． ラジオ体操． 弁当・朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0750 自宅発． ちょっと雨． 0820 研究室着．
• 明後日には 岩波統計モデル本 が発刊されるはずなんだけど， 岩波サイトではあいかわらず表紙は 撮影中 みたいだし (かなり芸術性を重視するカメラマンが担当しているようだ) …… ちなみに， 2009 年 10 月発刊のR グラフィックス (共立出版) の場合， 発刊一ヶ月以上前に表紙デザイン・ネット上での おひろめは完了， 発売のずっと前から新着商品 として注目されてて， 実際に流通する一週間前 には本がてもとにとどいていたんだけど …… (後記: 翌日になって， よーやく科学書の top page で表紙画像がでました)
• この件， 正午すぎに岩波書店から連絡いただき， 本日中に北大にむけて 10 冊ほど送ってくださるとのこと． たいへんありがたくはあるのだが …… 北大は学内便が遅いので， 金曜日には受けとれず来週になってしまうかもしれないな．
• Luis がいきなりとびこんできて …… Ubuntu (Linux distribution) 修繕依頼． boot であれこれ [OK] でて止まった場合には， Alt + F1 でコンソールに移動してログイン， sudo service gdm restart で GUI に移動できる．
• 北大くらうどに移動した研究室さーばーの mail まわり， もうすこしだけ見なおしてみる作業． Port 転送に問題あったかしらん， と 25 番をどうこうしてみたけど影響なし． そもそも研究室さーばー内の Postfix までは到達していて， kubo というのが unknown user あつかいされているから配送されないわけで …… たしかに関係ないよな． よくわかからん．

• また北大祭関係の雑用メイルかき．
• ちょっと植物シミュレイターの論文ながめる．

[最新の計算植物学 review]

Przemyslaw Prusinkiewicz and Adam Runions. 2012. Computational models of plant development and form. New Phytologist, 193: 549–569. doi: 10.1111/j.1469-8137.2011.04009.x ． Prusinkiewicz はポーランド出身でカルガリー大学にいるこの方面の有名人， Algorithmic Botany をかかげているヒト． この review では， おもに植物の発生生物学 (developmental biology) のヒトたちを対象として， 「植物のシミュレイションモデルでいろいろわかりますよー」 とうりこんでいる．

• 昼飯．
• 午後も --- 客観的にみれば現実逃避的な --- 論文よみ．
• データ解析こんさるメイル， なかなかの難問が ……
• 1750 研究室発． 買いもの． 1820 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): 米 0.5 合． ネギ・干しシイタケ・麸のすまし汁． 鶏レバのショウガ煮． キュウリのピクルス． 野菜天．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ニシンの丸干し． ブロッコリー． ミニトマト． ミズナ．
  • 晩 (1910): ハクサイ・ネギ・エノキダケ・豆腐・鶏肉の鍋． 卵雑炊．

2012 年 05 月 15 日 (火)

• 0620 起床． ラジオ体操． 弁当・朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0750 自宅発． 0820 研究室着．
• なかなか 岩波統計モデル本 の表紙がでないな． 撮影中 とのこと． 今週の金曜日に発刊のはずだけど， ぜんぜん実感がない． 以前に「R グラフィックス」を翻訳出版した共立出版と， 今回の岩波書店， どちらも科学系の本をいろいろあつかっているわけだが， ずいぶんと対応がちがう．

• なぜかまた三次元レンダリングについての試行錯誤 …… 現実逃避的ですなぁ．
• 1030 より 研究室セミナー， D1 の研究計画の紹介． 先週と同じ感想， 「だいじょうぶなのか」．
• 昼飯．
• なぜかしら， いろいろとどこおっているメイル返信かき． 途中， でーた解析こんさるがはいってきたり．
• なぜかしら， 「行動生物学事典」というのにいくつかの項目を書くことになってしまったので， その相談．
• また三次元逃避． Category:Free 3D graphics software をうろうろ． 昨日の R の library(rgl) の rgl.pixels() 関数に相当する OpenGL の関数は …… glReadPixels() かな． お， OpenGL Wiki の Framebuffer Object もおもしろそうだな ……
• 1750 研究室発． 買いもの． 1820 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 3-5 月の灯油使用量 23 l，2222 円． 1-3 月は 85 l．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． うんどうぶそくだなぁ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): 米 0.5 合． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・豚肉の煮物．
  • 昼 (1220): 研究室． 米 0.7 合． シシャモ． 野菜天． ブロッコリー． ミニトマト． ミズナ．
  • 晩 (1920): 米 0.5 合． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・豚肉の煮物． サバの開き． 豆腐． カブの葉・エノキダケ・油揚げの煮びたし．

[サバのひらき]

ちょっと珍しいものが届いたので， さっそく食べてみた． 開きなので収縮ぎみなんだけど， けっこう食べごたえあり．

2012 年 05 月 14 日 (月)

• 0620 起床． ラジオ体操． 弁当・朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． ちょっと研究室ねっと雑用． 0830 自宅発． 晴． 0850 研究室着．
• ちょっと研究室ねっと雑用のつづき． 研究室さーばー移転でややこしいことになってしまったので (今度は検索エンジンがらみ)， また別の混乱が生じるかもと危惧しつつ， DNS 変更依頼 & Apache Rewrite による転送設定やりなおし． まあ， これで終了でしょう．
• 脈絡もなく R の library(rgl) 調査． いや， 以前に苦闘していた 三次元葉群 や パイプ樹木盆栽 の光計算を OpenGL なんかで代替させられたら便利かもー …… と以前から考えてたもんで．
• たとえば， R で

  > library(rgl)
  > example(surface3d)
  

  とすると， このようなウィンドウが開くわけだが (ポインターをぐりぐり回すと三次元図も回転する) ……

• ここで， たとえば depth <- rgl.pixels(component="depth") などとすると， この画像の「深度」なんぞが得られて行列 depth に格納される (RGB その他の取得も可能)． 取得された値を image(depth) で図示するとこうなる．

• まあ， 自分で ray casting/tracing なあれこれを工夫するよりは， 速いんではないかと思うんだけど …… どうだろうねえ．
• とはいえ， こういう研究はとうぶんできそうにない．
• で， 自分にはあまり関係なさそうな方面の問い合わせというか何というか …… えーと， Fisher's condition (それについて言及されてる数少ない 論文の例) というのは， Fisher の性比の進化理論にでてくる概念 (を Houston & McNamara 2005 で勝手に命名した??) で， 統計学とは何の関係もなさそうなんだが ……
• 昼飯．
• 午後は大学雑用． こういうのとか，

  Subject: 北大祭環境科学院 2012 サイエンストークの依頼 
  
  植物生態学コースの久保です．6 月 9 日 (土) と 10 日 (日) の北大祭の
  環境科学院施設公開で生物圏専攻担当の北大祭施設公開実行委員を申
  しつけられております．その中に「サイエンストーク」という企画が
  あり，これは来場した一般の人たちあいてに研究紹介をしていただく
  ものなのですが，今回はこれを小泉さんにお願いできないだろうかと
  いうことでメイルをさしあげております．トピックとしてはニホンザ
  リガニについてお願いしたいのですが，他にも一般の人たちに興味を
  もってもらえるものでしたら，何でもかまいません．
  
  「サイエンストーク」のおおよその概要は次のとおりです:
  ・6/9 と 6/10 それぞれ一回ずつ
  ・時間は 13:00-15:00 ぐらい (未定) のうち 20 分間
    (自分のトークの時間以外は拘束されません)
  ・場所は地環研玄関ホール，液晶プロジェクター使用可
  
  このような内容です．ご検討いただけると助かります．よろしくお願
  いいたします．
  
  たいへん恐縮ですが，5/18 (金) ぐらいまでにお返事をいただけないで
  しょうか．不明な点などありましたら御連絡ください．
  

  あるいはこういうメイルだとか，

  Subject: 北大祭環境科学院 (2012) サイエンスパフォーマンスの依頼 
  
  植物生態学コースの久保です．6 月 9 日 (土) と 10 日 (日) の北大祭の環境
  科学院施設公開で生物圏専攻担当の北大祭施設公開実行委員を申しつけら
  れております．この企画についてお願いがあります．
  
  昨年，森川さんの研究室の皆様に担当していただいたサイエンスパフォー
  マンス「90℃で生きる高温微生物の姿」が好評でしたので，今年度もお願
  いしたいと考えております．御検討いただけると助かります．
  
  企画の概要は以下のとおりです．
  ・6/9 (土), 6/10 (日) の二日間，10:00-16:00
  ・場所: D101, D102 講義室
  ・机、イス、掲示用パネル、延長コードなどは準備します
    (必要個数をお知らせください)
  ・展示紹介をしてくださる学生さんには謝金が支払われます
    (各展示日ごとの人数をお知らせください)
  
  たいへん恐縮ですが，5/18 (金) ぐらいにお返事をいただけないでしょうか．
  よろしくお願いいたします．
  

  その他あれこれをあちこちにばらまいていた． また数年以内に同じ雑用をおおせつかるだろうから (前回は3 年前)， そのときに流用するためにこのへんにはってみる …… 来年の担当者に対する説明用に使うこともあるので．
• 1750 研究室発． 買いもの． 1820 帰宅． 晩飯の準備のてつだい． 晩飯．
• なぜかしら倫敦館にコーヒーのみにいったり．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): 米 0.5 合． ネギ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1230): 研究室． 米 0.7 合． 鶏のからあげ． ソーセイジ． 野菜天． ミニトマト． レタス．
  • 晩 (1940): 米 0.5 合． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・豚肉の煮物． ミズナ・エリンギ・アブラゲの炒めもの．