ぎょーむ日誌 2012-05-(21-31)
2012 年 05 月 21 日 (月)
-
0620 起床．
ラジオ体操．
弁当・朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0750 自宅発．
晴れ．
今日は日食 (札幌では部分日食) ということで，
ピンホールで観測してみたり．
あと，
樹冠を通った光線が「みかづき」型の影を作るのにおどろいた．
0820 研究室着．
[直販用の統計モデリング本]
とりあえず 30 冊がとどく．
しかし，
直販サイトは今日も完成しなかった
……
-
昼飯．
-
直販サイトづくり，
ぢりぢり
……
-
夕方は，
飯田さんと熱帯林なハナシを．
-
1730 研究室発．
買いもの．
1800 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.5 合．
ネギ・豆腐の味噌汁．
米 0.7 合．
鶏スペアリブの煮物．
タケノコ天．
キュウリ・ニンジン・カブのピクルス．
- 昼 (1230):
研究室．
米 0.7 合．
鶏スペアリブの煮物．
時サケの塩焼き．
タケノコ天．
インゲン．
ミニトマト．
ミズナ．
- 晩 (1900):
米 0.5 合．
ネギ・シジミの味噌汁．
カツオのタタキ，
タマネギ・ミズナのサラダ．
豆腐．
キュウリ・ニンジン・カブのピクルス．
2012 年 05 月 22 日 (火)
来月６月２１日に、東大中島ホールにて、生態学会関東地区会
シンポジウム「Hierarchical modelling for the environmental sciences」
を開催いたします。
シンポジウムでは、立川で開かれるBayesComp（6月22-23日、
http://daweb.ism.ac.jp /~yoshidar/BayesComp/）
のため来日されるJames S. Clark博士とAlan E. Gelfand
博士をお招きして、最新の階層モデルを駆使した解析を
レクチャーしていただく予定です。また、国内で階層モデルを
専門とする新進気鋭の研究者によるミニプレゼンテーションも
企画しております。
事前登録は不要ですので、都合のつく方はぜひご参加ください。
多くの方の来場をお待ちしております。
=======================
日本生態学会関東地区会シンポジウム３
平成24年6月21日（木）13:00～17:30 (１２:４５開場)
会 場：東京大学弥生キャンパス中島ホール
(フードサイエンス棟2F)
アクセス：地下鉄南北線 東大前
主 催：日本生態学会関東地区会
企 画：山中（独）農環研）
参加費：無料
講演者（敬称略）：
（１）13:00-13:15
山中武彦：趣旨説明
（２）13:15-15:00 レクチャー
James S. Clark（Duke University, USA）
Why spring phenology models don't work and how to fix them:
Hierarchical modeling shows strong climate sensitivity
Alan E. Gelfand（Duke University, USA）
Explaining Species Distribution Patterns Through Hierarchical Modeling
（３）15:15-17:15 ミニプレゼンテーション
深澤圭太（国立環境研究所）
Spatio-temporal capture-recapture model: how does spatial structure bias
the mortality estimation?
仁科一哉（独）国立環境研究所）
Short term effect of tree logging on nitrous oxide flux from soils;
focusing on belowground tree-soil interaction
櫻井玄（独）農業環境技術研究所）
Application of Bayesian method for estimating CO2 fertilization effect
夜は懇親会を予定しております。
詳細は以下リンク先
http://www.esj-k.jp/201206sympo.html
これは日程的に参加できそうな気がするので，
統計モデリング入門
の割引販売「行商」でもしようかな
……?
1030 より
研究室セミナー，
今日はインドネシアの稚樹あれこれ，
ガーナの黄金採掘地あとの restoration
……
なんとか無事に大学院を脱出してもらいたいなあ．
昼飯．
生態学会さーばー雑用．
またメイルふちょー?
いろいろ調べてみたけどわからづ．
とりあえず IMAP 再起動．
それでなんとかなったもよう
……
またメモリ不足か?
なんでこんなユルいさーばー業務しかやってないのに，
どかどかとメモリをくいつぶすのだろう?
午後も「直販」サイトぷろぐらみんぐうだうだ
……
Perl + ユーザーインターフェイスのあるプログラミングはひさしぶりなので，
なかなかはかどらづ
……
-
1740 研究室発．
買いもの．
1810 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
おお，
dichika さんがさっそく
「[R] 緑本メモ
を ……
統計モデリング入門のゐんばぐす
例題を JAGS
で動かしてみようというこころみ．
ありがたいことです．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.5 合．
ネギ・油揚げの味噌汁．
タケノコ天．
キュウリ・ニンジン・カブのピクルス．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
鶏スペアリブの煮物．
大金ソーセイジ．
タケノコ天．
インゲン．
ミニトマト．
ミズナ．
- 晩 (1930):
米 0.5 合．
ネギ・ブナシメジ・油揚げの味噌汁．
アジのひらき．
ニラ・モヤシ・タマゴ・豚肉の炒めもの．
2012 年 05 月 23 日 (水)
-
0620 起床．
ラジオ体操．
弁当・朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0750 自宅発．
0820 研究室着．
-
科研費雑用書類の修正作業．
なぜかしら研究院の事務室まわりがどたばたしている．
-
何が原因なのかわからないけど，
desktop 機として使っている
(ぼろぼろすぎてもはや持ち運べない)
ThinkPad X31 で dual monitor が使えなくなった
……
カーネルまわりを
apt-get upgrade
してしまったことが敗因か?
-
HDD ベイまわりもとっくに壊れているので，
USB な外付け SSD を storage にしているわけだが
……
ファイルシステムが壊れたのかと調べてみたけど，
そうでもないもよう．
やはりこの古いハードウェアがソフトウェア update
についていけなくなってきたのか?
-
いろいろ調べてみたけど，
よくわからぬまま昼飯．
-
午後もなんとかしようとする努力
……
ふと思いついたのだが，
私の研究室はいつのまにか「計算機関連ごみ置き場」
ということになってしまって，
そのへんで不要になった PC だのディスプレイだの
ケイブル・小物あれこれだのがぽんぽんと投げこまれて
体積しているわけだが
……
その中で main board がなかばブチこわれて，
うち捨てられた Dell の laptop PC があったはず．
-
老 ThinkPad X31 の代替として，
この (CPU などはそれほど古くない) Dell 機を使えないだろうか?
HDD はささらず，
有線ネット接続もできないやつだが
……
-
などといった試行錯誤の途中で，
今日は時間切れになった
……
研究はススまず，
統計モデリング本
直販サイトづくりも途中で止まったまま
……
-
1700 研究室発．
大通でちょっと晩飯．
家から歩いて 7-8 分のところに，
音楽 (その他多目的) ホールがあって，
今晩はそこでジャズを聴いてきました．
2150 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.5 合．
ネギ・ブナシメジ・油揚げの味噌汁．
キュウリ・カブのピクルス．
シソ天．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
ソイの西京味噌づけ焼き．
シソ天．
ミニトマト．
ミズナ．
- 晩 (1730):
大通地下の「さえら」のサンドイッチ．
2012 年 05 月 24 日 (木)
-
0630 起床．
ラジオ体操．
今日は弁当なしの日．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0750 自宅発．
晴．
0820 研究室着．
-
また (laptop PC による) 「ですくとっぷ機」交代・修理作業
-
とりあえず老 ThinkPad X31 はお休みになっていただくことにして，
main board ぶっこわれぎみな Dell E6500 をてなずけてみようという試み．
-
Ubuntu 12.04 インストール USB メモリもしくは CD
を作ろうとする試みは，
なぜかしらことごとく失敗．
原因不明．
-
しょうがないので 10.04 CD でインストール
……
これまた main drive となる SSD の不調などもあり，
てこずる．
しんどい．
-
10.04 からいきなり 12.04 にできない!
まずは 10.04.2 に
apt-get dist-upgrade
して
……
え? ここでストップ?
どうも sudo do-release-upgrade
では 10.04 を 12.04 にしてくれないよーだね
(あとで do-release-upgrade -d とすればよいらしい，
とわかった)．
まあ，
ちょー高速 X 端末として動作してくれるので，
しばらくは Ubuntu 10.04 でよしとするか．
[Dell E6500]
mainboard がかなり壊れている
(ethernet port だめ，USB 半分使えない，
HDD もささらない)
Dell の laptop PC をデスクトップなマシンに
してみた．
まあ，
しばらくは使えそう．
-
北大生協で昼飯を調達．
おそい昼飯．
-
お，
Amazon の在庫状況が改善された!
何しろ「2-4 週間」まてとかだったからなぁ
……
-
何をあらわしているのかよくわからない順序統計量，
「A mazon ベストセラー商品ランキング」はこんなかんぢで．
-
1800 研究室発．
買いもの．
1820 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
おお，
紀伊國屋書店
BookWeb
でもがんばってるな．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.5 合．
ネギ・油揚げの味噌汁．
カブ・キュウリのピクルス．
卵焼き．
- 昼 (1330):
研究室．
北大生協のサンドイッチ．
- 晩 (1920):
米 0.5 合．
ネギ・モヤシ・油揚げの味噌汁．
ゆで豚肉ダイコンおろしあえ．
レタス．
ゴボウ・ニンジン・豚肉のきんぴら．
2012 年 05 月 25 日 (金)
-
近くのヒトたちに
統計モデリング入門
をくばって歩く．
他のフロアの研究室にも．
階段をくだって別の棟に移動してまた階段のぼって，
とか．
-
学内便でも
統計モデリング入門
を配布する
……
意外と速く低温硏にも届いた．
-
で，
直販サイトをさっさと作るべきなのだが
……
またまた現実逃避的に，
山道君が生態学会誌解説で連載していた
エコゲノミクス解説
(最終回の第 7 回ももうすぐ open になるでしょう)
読みにはまってしまった．
こりゃー，
よく書けていますなぁ．
-
1750 研究室発．
買いもの．
1820 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.5 合．
ネギ・モヤシ・油揚げの味噌汁．
オクラ．
ゴボウ・ニンジン・豚肉のきんぴら．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
ゴボウ・ニンジン・豚肉のきんぴら．
カブ・キュウリのピクルス．
ミニトマト．
レタス．
- 晩 (2000):
米 0.7 合．
タマネギ・ニンジン・ジャガイモ・鶏肉のカレー．
カブ・キュウリのピクルス．
2012 年 05 月 26 日 (土)
-
0740 起床．
ラジオ体操．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
-
怠業．
-
1130 自宅発．
1230 研究室着．
昼飯．
-
いろいろちょこちょこススめたのだが
……
どうにも土曜日はばててるのか，
能率がいつもにもましてよくない．
[現在のデスクトップ PC]
Dell E6500．
main board がぶっこわれぎみで，
USB SSD をケイブルでつなげて main storage
としている．
これはまだ Xunbutu 化してない状態でとった写真．
[しょっぷ開店，おくれつつあり]
さっさとこの本をうってしまいたい．
そのためには直販 web page &
販売管理システムをさっさとつくってしまわなくては．
-
いやはや，
よくもわるくも，
あせらなくなってしまったなあ．
たぶん，
老化．
-
1720 研究室発．
AEON 桑園で買いもの．
1810 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
ぱん吉のパン．
チーズ．
カレースープ．
- 昼 (1240):
研究室．
北大生協のサンドイッチ．
- 晩 (1940):
米 0.5 合．
タマネギ・ピーマン・シイタケとオージーなビーフ・ラムの焼肉．
ワサビ菜のサラダ．
カブ・キュウリのピクルス．
2012 年 05 月 27 日 (日)
-
0720 起床．
ラジオ体操．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
-
岩波統計モデリング本
直販サイトづくり，
ぢりぢり
……
-
いーぐあいに完全曇天になった
……
1105 自宅発，
ミニ大通公園走．
気温ひくくて，
ちょっと寒い．
1150 帰宅．
-
昼飯．
-
午後もサイトづくり，
ぢりぢ理．
-
夕方，
南 3 西 6 の
シアターキノ
へ．
晩飯くってから，
「裏切りのサーカス (Tinker Tailor Soldier Spy)」
みた．
原作は le Carréの「スマイリー」ものの一冊，
冷戦下のロンドンにおける二重スパイ狩り，
俳優は Gary Oldman とか Colin Firth とか Benedict Cumberbatch
とかクセのありそうな英国人たち
……
といった私の好きそうな要素につられて観にいったんだけど，
なかなか難解だった．
あとから Wikipedia 上の原作の
あらすじ
をみると (原作の構成も時系列ぐちゃぐちゃだけど)，
ハナシはさして複雑ではないとわかる
……
うーむ，
「どうせ映画だから状況説明的なセリフばかりだろう」
などと油断していたのが敗因か．
最節約的なセリフで「りあるっぽさ」をかもしだす演出だった．
シーンの時系列がぐちゃぐちゃなのは意外とアタマの中で整理されるんだけど，
「ここはどこなのか?」
というのときどきわからなくなった．
ブダベストとかイスタンブールなんかは「説明的」な絵が提示されるのでわかるのだけど，
ロンドン市内だと「これってどの家の中だっけ?」というのがわからなくなったり
……
-
ところで，
そんなにスパイ小説を愛読してるわけでもない私が，
どうしてこういう設定のものにひかれたのだろう
……
と考えて思い出したんだけど，
高校生ぐらいのときにフリーマントル「消されかけた男」
を読んだのが印象に残っていたんだろうなあ．
-
帰宅後，
またサイトづくりぢりぢり
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
ピッツァ．
- 昼 (1200):
パスタ．
- 晩 (1900):
キノカフェの玄米プレイト．
2012 年 05 月 28 日 (月)
-
0620 起床．
ラジオ体操．
弁当・朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0750 自宅発．
0820 研究室着．
-
統計モデリング入門，
岩波サイトの週間ランキングの
単行本・理科系
で 2 位になりました．
ありがたいことです．
-
しかしのちほど，
「それはアホでも１位になるやつで」
……
とご指摘をうけてみたり．
-
放置していた Cardamine したうけ計算ぎょーむに復帰する努力
……
放置ぎょーむの再起動はしんどい．
-
昼飯．
-
統計モデリング本
の質問メイルとかが来たり
……
-
そして，
午後も Cardamine．
-
1720 研究室発．
買いもの．
1750 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
夜もちょっと Cardamine
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.5 合．
ネギ・油揚げの味噌汁．
モズク酢．
ダイコンのピクルス．
- 昼 (1220):
研究室．
米 0.7 合．
時ザケの塩焼き．
鶏レバのショウガ煮．
ジャガイモ．
トマト．
レタス．
- 晩 (1920):
米 0.5 合．
ネギ・アブラゲ・シイタケの味噌汁．
カレイの煮つけ．
卵焼き．
ホウレンソウのゴマあえ．
ダイコンのピクルス．
2012 年 05 月 29 日 (火)
-
0640 起床．
ちょっとねぼうした．
弁当・朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0750 自宅発．
0820 研究室着．
-
研究室のそうじ．
ときどき (ちょっとこわい)
お客さん来訪があると，
きたない部屋がすこしマシになる
……
-
また Cardamine 作業．
-
11 時から 2 時間ほど荒木さんと
Cardamine 相談．
-
昼飯．
-
午後も Cardamine．
[また新しい推定計算]
genotype × locus みたいな，
「交互作用項」的なものを追加したモデルの
パラメーターも推定しないといけなくなった
……
ということで，
また北大くらうど (実体は単なる PC)
の 4 core CPU を駆使して，
並列な MCMC．
-
60 分ちょいで推定計算終了．
この強引なモデルだと，
クローン×遺伝子座の
「交互作用項」みたいなものがすべてを説明する，
という結果になってしまいましたよ
……
-
1730 研究室発．
買いもの．
1800 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
[花椒]
ごりごりくだいて麻婆豆腐にいれてみた
……
うーむ，
びりびりする．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.5 合．
ネギ・アブラゲ・シイタケの味噌汁．
シシャモ．
鶏レバのショウガ煮．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
鶏レバのショウガ煮．
シシャモ．
ミニトマト．
レタス．
- 晩 (2030):
米 0.5 合．
タマネギ・ニンジン・ネギ・ブナシメジ・豚肉の味噌汁．
麻婆豆腐．
2012 年 05 月 30 日 (水)
-
0640 起床．
ラジオ体操．
弁当・朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0750 自宅発．
0820 研究室着．
-
つかれたつかれた
-
謹呈本遅配事件
……
昨日，
統計モデリング本
を 25 名ばかりのかたに「謹呈」さしあげたつもりだったんだけど，
どうも届いている様子がなかったので，
岩波書店にといあわせたところ，
「わすれてました」とのこと．
-
どうも私が送付者リストをわたしたのが早すぎた
(といっても 5/9 だけど) のがよくなかったそうで
……
まあ，
皆さんには明日か明後日ぐらいまでにはとどくのでしょう．
-
昼飯．
ねむい．
-
どうも Cardamine 推定計算の結果が，
昨日と変わらんな
……
といぶかしく思っていたら，
ちょっとしたミスで昨日と同じ方法をひたすらくりかえしていた．
やれやれ
……
-
なぜか某重工内からこんさるメイル
……
めんどうなので放置してたんだけど，
こういうぐったりな日に返信を書くのがよいような気がしてきた．
真剣みのない，
なげやりな回答でさくっと終了しそうなので．
-
しかし工学部系の論文って，
どうしてこうどくとくな，
何だかイヤなかんじがするんでしょうねえ
……
そして，
なんとか読解してみると，
少なくとも送られてきたコードのどこがヘンてこかというのはわかった．
なげやりな回答でさくっと終了．
-
国際救助隊的なこんさるメイル
……
これは意外とやっかいだな．
どうしたものかな．
-
Cardamine 再推定，
いつものことながら，
階層事前分布の分散パラメーターが「びみょー」に収束しない．
たぶん，
こまかく分割しすぎなんだろうなぁ
……
-
1720 研究室発．
なぜかしら駅ビルで晩飯．
1940 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.5 合．
タマネギ・ニンジン・ネギ・ブナシメジ・豚肉の味噌汁．
ニンジン・ダイコンのピクルス．
- 昼 (1220):
研究室．
米 0.7 合．
ハタハタの丸干し．
ゴボ天．
ブロッコリー．
ミズナ．
- 晩 (1830):
石焼ビビンバとサムゲタンちょっと．
2012 年 05 月 31 日 (木)
-
0620 起床．
ラジオ体操．
弁当・朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0750 自宅発．
0820 研究室着．
-
Cardamine モデル改良，
やはり genotype まわりの推定がうまくいかないか
……
-
昼飯．
-
たしかに，
岩波統計モデリング本，
このへんの本屋でもみかけません．
北大生協書籍部でも紀伊國屋書店でも三省堂でも
……
(@KuboBook)
-
genotype 単体はヤメにして，
genotype×locus だけにすると，
まあなんとかなった
……
これはそれほどヘンなモデルではない，
はず．
「あるクローンでは，
そもそもどの遺伝子座でもメチル化されにくい」
といったハナシはないだろうし．
-
1730 研究室発．
買いもの．
1800 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.5 合．
タマネギ・ニンジン・ネギ・ブナシメジ・豚肉の味噌汁．
ニンジン・ダイコンのピクルス．
- 昼 (1200):
研究室．
米 0.7 合．
ヒメタラ．
ゴボ天．
ミニトマト．
ミズナ．
- 晩 (1900):
米 0.5 合．
タマネギ・ニンジン・豚肉の味噌汁．
チンゲンサイ・タマネギ・ニンジン・ホタテの炒めもの．
